陽明交大攜手諾貝爾化學獎得主 開發演算法加速新藥研發

【記者張穎容台北報導】陽明交通大學生物科技學系副教授羅惟正與諾貝爾化學獎得主瓦謝爾（Arieh Warshel）合作，開發出高效能蛋白質結構比對搜尋演算法SARST2，可在龐大的數億筆資料庫中迅速比較蛋白質結構，加速新藥研發。

陽明交大指出，準確預測及分析比較蛋白質結構，能幫助科學家理解藥物與治療標靶之間的相互作用，加速藥物研發，一直是科學界難題。

羅惟正解釋，蛋白質的功能取決於其立體結構，因此如何從胺基酸序列精準預測蛋白質結構，一直是科學界核心問題。隨著Google DeepMind 2020年推出結構預測系統AlphaFold2後，蛋白質結構資料量因AlphaFold團隊投入大規模預測後暴增千倍，使結構比對分析面臨前所未有的大數據壓力，全球科研極需高效能的新世代演算法。

團隊整合AI與結構平運算技術開發的SARST2演算法，可在數億筆資料中精準比對蛋白質結構，速度較既有演算法快上數百至數萬倍，且記憶體與磁碟使用量皆大幅降低，與國際最新演算法相比毫不遜色。

2022年，羅惟正跟瓦謝爾分享了演算法概念且獲其肯定，從此研究團隊與其展開每月線上會議，對研究有莫大助益。羅惟正說，一直期盼為社會培育優秀的領導人才，這樣讓學生直接向諾貝爾獎大師學習，能大幅提升他們的國際視野與學術敏感度。

羅惟正的團隊研究主題高度仰賴數理及程式設計能力，他直言長久來招生難度較高、人力有限，爭取資源的精力也受限，卻又樂觀笑稱，「我們就是群穿草鞋的，用放在地上的拼裝個人電腦和連外殼都壞掉的本土牌散熱電扇，跟擁有大型伺服器與高級機房的國際團隊競爭演算法開發。」

這項研究刊登在《Nature Communications》，展現台灣團隊在全球生物資訊領域的實力及韌性，成果也吸引產業界關注，宏碁集團子公司安圖斯科技提供高階Altos AI伺服器算力，協助團隊建置穩定高效的遠端運算環境，期盼產學互助，提升台灣資訊、生技與醫學領域的國際競爭力。